明治二十六年(一八九三年)一月，海军提议设置独立于海军省的海军参谋部。对此，陆军坚决反对，理由是中央军令机关并列，设两个<a href="./?mention=参谋长">参谋长</a>的制度会给军令统一造成混乱。当时陆主海从思想占统治地位，海军对此十分不满，因而，陆海军之间从此就产生了对立的萌芽。天皇对事态很忧虑。陆海军首脑根据天皇之命多方进行协商之后决定，海军设高等参谋部，同时制定战时大本营条例，大本营的参谋长即是参谋部的参谋总长。<br/>明治二十六年五月，设立海军军令部，同时制定了战时大本营条例。但是，陆海军在这方面进行的具体协商并未取得一致意见，只是在与中国之间形势紧迫的压力下才得到部分解决。