根据《<a href="./?mention=国务院">国务院</a>关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》（国发〔1999〕26号，以下简称《决定》），中国科学院继续管理其所属学校。目前，中科院直属高校有：<a href="./?mention=中国科学院大学">中国科学院大学</a>（国科大）、<a href="./?mention=中国科学技术大学">中国科学技术大学</a>（中科大）。<br/>历史上在1978年曾有<a href="./?mention=浙江大学">浙江大学</a>、<a href="./?mention=成都科学技术大学">成都科学技术大学</a>（今<a href="./?mention=四川大学">四川大学</a>）、<a href="./?mention=哈尔滨科学技术大学">哈尔滨科学技术大学</a>（今<a href="./?mention=哈尔滨理工大学">哈尔滨理工大学</a>） 为中科院直属；<a href="./?mention=上海科学技术大学">上海科学技术大学</a>（今<a href="./?mention=上海大学">上海大学</a>）在建校伊始名义上为中科院直属，此后曾由中科院与上海市共同领导；1981年这四所学校的管理权均转交其他中央部委或地方政府。<br/>此外，2013年新成立的<a href="./?mention=上海科技大学">上海科技大学</a>由中科院与上海市共同举办、共同建设，由上海市主管。