根据《<a href="./?mention=国务院">国务院</a>关于进一步调整国务院部门(单位)所属学校管理体制和布局结构的决定》(国发〔1999〕26号,以下简称《决定》),中国科学院继续管理其所属学校。目前,中科院直属高校有:<a href="./?mention=中国科学院大学">中国科学院大学</a>(国科大)、<a href="./?mention=中国科学技术大学">中国科学技术大学</a>(中科大)。<br/>历史上在1978年曾有<a href="./?mention=浙江大学">浙江大学</a>、<a href="./?mention=成都科学技术大学">成都科学技术大学</a>(今<a href="./?mention=四川大学">四川大学</a>)、<a href="./?mention=哈尔滨科学技术大学">哈尔滨科学技术大学</a>(今<a href="./?mention=哈尔滨理工大学">哈尔滨理工大学</a>) 为中科院直属;<a href="./?mention=上海科学技术大学">上海科学技术大学</a>(今<a href="./?mention=上海大学">上海大学</a>)在建校伊始名义上为中科院直属,此后曾由中科院与上海市共同领导;1981年这四所学校的管理权均转交其他中央部委或地方政府。<br/>此外,2013年新成立的<a href="./?mention=上海科技大学">上海科技大学</a>由中科院与上海市共同举办、共同建设,由上海市主管。