南京农业大学工学院是由我国最早创办的两个农业工程系——原<a href="./?mention=金陵大学">金陵大学</a>农业工程系和原中央大学农业工程系合并、发展而来，是我国农业工程学科的发源地之一。1952年院系调整时，两校的农业工程系合并成立南京农学院<a href="./?mention=农业机械化">农业机械化</a>系。1958年，南京农学院农业机械化系与<a href="./?mention=江苏省南京">江苏省南京</a>农业机械化学校合并成立南京农学院农业机械化分院。1970年搬迁到<a href="./?mention=镇江">镇江</a>，与镇江农机学院（现<a href="./?mention=江苏大学">江苏大学</a>）合并，1985年迁回南京浦镇原址建立南京农业大学农业工程学院，2000年更名为南京农业大学工学院。