后土御门天皇讳成仁，<a href="./?mention=嘉吉">嘉吉</a>二年（1442）五月，作为<a href="./?mention=后花园天皇">后花园天皇</a>的第一皇子出生。母亲是<a href="./?mention=从四位">从四位</a>下右马助藤原孝长的女儿。孝长是<a href="./?mention=内大臣">内大臣</a>藤原高藤流的后裔，当时身为下级<a href="./?mention=公卿">公卿</a>担当木工寮修理的职位。后土御门的母亲作为典药头和气乡成的养女和内大臣大炊御门信宗的犹子而入宫，得到天皇宠幸而生下后土<a href="./?mention=御门">御门</a>。