北京联合大学台湾研究院的前身是1989年5月成立的<a href="./?mention=北京联合大学">北京联合大学</a>文法学院台湾研究室和2000年12月成立的北京联合大学台湾研究所。<br/>20世纪80年代，随着两岸关系的逐渐开放，<a href="./?mention=台湾问题">台湾问题</a>研究渐渐成为学术界研究的热点。1989年5月，北京联合大学文法学院台湾研究室成立，徐博东任研究室主任。20世纪90年代中叶，随着校内学院的整合，台湾研究室划归应用文理学院。<br/>20世纪90年代，经过艰辛的努力，<a href="./?mention=徐博东">徐博东</a>教授在台湾问题研究方面取得了突出的成就，在海峡两岸受到普遍关注。在校领导的支持下，2000年12月3日，应用文理学院台湾研究室升格为北京联合大学台湾研究所。2004年2月10日，台湾研究所从应用文理学院迁址到校本部。<br/>2005年，为适应加强台湾问题研究的需要，北京联合大学决定撤销台湾研究所，建立台湾研究院。4月23日，北京联合大学台湾研究院正式成立，徐博东任首任院长。原海峡两岸关系协会会长汪道涵为台湾研究院题写了院名，原国台办副主任<a href="./?mention=唐树备">唐树备</a>担任名誉院长。