归仁区位于中华民国<a href="./?mention=台南市">台南市</a>南端，北临<a href="./?mention=永康区">永康区</a>、<a href="./?mention=新化区">新化区</a>，东邻<a href="./?mention=关庙区">关庙区</a>，西邻<a href="./?mention=仁德区">仁德区</a>，南接<a href="./?mention=高雄市">高雄市</a><a href="./?mention=阿莲区">阿莲区</a>、<a href="./?mention=路竹区">路竹区</a>。主要河川有许县溪、二仁溪，前者为盐水溪主流上游，构成本区与关庙区北段边界；后者则为本区与高雄市之界河。本区全境属平原地形，地势平坦，是嘉南平原的一部分，无山坡、丘陵，气候上则属热带季风气候。