园艺与植物保护学院是2006年9月学校根据学科建设与发展需要组建而成的<a href="./?mention=二级学院">二级学院</a>，其办学历史最早可追溯到1902年张謇先生创办的通海农学堂。1971年原<a href="./?mention=江苏农学院">江苏农学院</a>调整设立植物保护、果树、蔬菜专业，1982年在全国农业院校中最早将果树、蔬菜专业合并为园艺专业，1987年增设<a href="./?mention=观赏园艺">观赏园艺</a>专业。学院现有植物保护、生态学、园艺、园林4个本科专业和植物保护（农用化学品工艺与营销）与园艺（设施园艺科学与工程）2个专业方向。