<a href="./?mention=种系发生学">种系发生学</a>，也被称作系统发生。其是指在地球历史进化过程中<a href="./?mention=生物">生物</a>种系的<a href="./?mention=发生">发生</a>和发展。种系<a href="./?mention=发生学">发生学</a>（phylogenetics）研究<a href="./?mention=物种">物种</a>之间的生物关系。其基本思想是比较物种的特征，并认为特征相似的物种在<a href="./?mention=遗传学">遗传学</a>上接近。 种系发生学研究的结果往往以系统发生树（phylogenetic tree）表示，用它描述<a href="./?mention=物种">物种</a>之间的<a href="./?mention=进化">进化</a>关系。通过对生物学数据的建模提取特征，进而比较这些特征，研究生物形成或进化的<a href="./?mention=历史">历史</a>。在分子水平上进行系统发生分析具有许多优势，所得到的结果更加科学、可靠。<a href="./?mention=卢卡奇">卢卡奇</a>认为，“任何<a href="./?mention=有机体">有机体</a>的生成和消亡都表现为一个微观的历史过程。而自从<a href="./?mention=拉马克">拉马克</a>和<a href="./?mention=达尔文">达尔文</a>以来，物种在种系发生学上的发展已经表现为客观上的历史进程。在<a href="./?mention=社会存在">社会存在</a>的水准上的历史必然发展得更为高级，这是不言而喻的，特别是在社会的范畴相对于纯粹有机的和自然的范畴获得了一种越来越强的优势时，就更是如此了。” 因而，<a href="./?mention=社会有机体">社会有机体</a>的发展同样是一个自然历史过程。从<a href="./?mention=方法论">方法论</a>层面看，这种方法更为强调了整体优先的合类进化思想。 在现代条件下，它具有向各学科进军的内在潜能。