学部主席团是院士大会闭会期间的常设领导机构。由<a href="./?mention=中国科学院">中国科学院</a>院长、1位分管学部工作的院士副院长、5个学部主任和由院士大会选举产生的12名院士组成。由院长、1位院士副院长和5个学部主任组成执行委员会，院长为主席团执行主席。执行委员会设秘书长1人，受执行委员会委托，负责学部的日常工作。学部主席团聘请<a href="./?mention=中国工程院">中国工程院</a>院长、<a href="./?mention=中国社会科学院">中国社会科学院</a>院长、<a href="./?mention=中国科学技术协会">中国科学技术协会</a>主席、<a href="./?mention=国家自然科学基金委员会">国家自然科学基金委员会</a>主任和若干政府部门的负责人为顾问。