清道光二十二年1842年8月，中英《<a href="./?mention=南京条约">南京条约</a>》签订，<a href="./?mention=五口通商">五口通商</a>（广州、<a href="./?mention=福州">福州</a>、<a href="./?mention=厦门">厦门</a>、<a href="./?mention=宁波">宁波</a>、上海）。设钦差大臣，办理外交及广州、福州、厦门、宁波、上海五口通商事务，故名五口通商大臣，由<a href="./?mention=两江总督">两江总督</a>耆英担任。清道光二十四年1844年3月，耆英改任<a href="./?mention=两广总督">两广总督</a>，五口通商大臣衙门遂移到广州，之后由两广总督兼任五口通商大臣一职。咸丰八年十二月（1859年1月），两江总督<a href="./?mention=何桂清">何桂清</a>任办理洋务钦差大臣，五口通商大臣衙门遂移到上海，之后一直由两江官员担任。咸丰十年（1860）改称南洋通商大臣，由<a href="./?mention=江苏巡抚">江苏巡抚</a>兼任。<a href="./?mention=同治">同治</a>四年末（1866）起由两江总督兼任。1868年南洋大臣衙门迁南京。